機械を使わないので扱いやすい自走式駐車場ですが、運転ミスで事故を起こす可能性があります。台数を優先してしまうと走行スペースが狭くなって接触しやすくなってしまうため、利用者が安全に使えるスペースを確保しておいた方が良いでしょう。小型の自走式駐車場であれば台数が少ないので意識しなくても良いですが、大型で台数が多く、車の出庫が頻繁に行われるような場合、複数の車が同時に移動できても出口が限られているので詰まってしまうことがあります。複数の道路に面しているのであれば空いている方に出口を繋ぐと良いですが、交通量が多い道路しかないのであれば警備員を配置して流れと逆方向に出庫しようとして待たないように誘導させることを検討しましょう。
出口の処理で詰まるのであれば、事前清算機で料金の支払いを済ませます。これを行ってもゲートで駐車券を入れる時間がかかるため、センサーで認識できるシステムを導入すると短縮が可能です。また、スペースに余裕がある場合は複数のゲートを設置しても良いでしょう。自走式駐車場は駐車位置によって建物からの距離が変わってしまうデメリットがあるため、高齢者や障害者の専用スペースを建物の近くに用意しておくと良いです。
商業施設では利用者がショッピングカートを持ちこんでそのまま放置し、接触してしまうトラブルも起きるため、規模に合わせて駐車スペースのいくつかをカート置場にして放置を抑制すると安全に使えます。